南通市总工会成立于1949年，下辖5个县（市）级工会，3个区级工会和1个开发区工会，14个产业（系统）工会，6个集团公司工会和近100家直属基层工会。目前，全市组建基层工会的单位数达2.6万余家，会员总数近151.5万人。
近年来，南通市各级工会全面贯彻落实科学发展观，坚持走中国特色社会主义工会发展道路，以强化基层建设、创新维权机制、协调劳动关系、办好实事工程为重点，围绕南通发展大局，突出履行维护职能，努力加大全市各级工会的组织力度、维权力度、服务力度，各项工作取得新的进展。坚持源头参与，在江苏省人代会上提出关于《江苏省工资支付条例》和《就业促进条例》的建议被确定为立法议案；人大与工会联席会议制度被作为南通的“全国第一”收入《第一南通》一书；在全省率先推动将优秀农民工和缴纳社会保险年份较长的农民工纳入城市住房保障体系，得到政府领导的认同和重视。促进改革发展，全面深化“当好主力军，建功‘十一五’，建设新南通”劳动竞赛和创建“工人先锋号”活动，深入实施劳模“十一五”创新业、立新功“五大行动”；围绕保增长、促发展，启动“立足岗位促发展，创新创造保增长”主题活动，深入推进企业与职工“共同约定行动”，第二届20城市工会工作论坛（“共同约定行动”专题）在我市隆重举行。协调劳动关系，健全劳动争议调解和预防工作网络，健全并有效发挥工会劳动关系预警、工会与法院“诉调对接”、联合执法检查等机制的作用，全市建立企业劳动争议调解组织近9000个，设立劳动关系预警联系点100家，有专兼职劳动争议调解员 4.8万多名、信息直报员150余人。深化民主管理，全面深化创建劳动关系和谐企业（工业园区）活动，大力推进评估改进行动，全面推广“四率”年检制；创造性地开展以单次协商、动态协商为主要形式的工资集体协商机制，以“一函六书”为代表的推进平等协商签订集体合同制度的经验在全国产生广泛影响。努力多办实事，建立南通市职工服务中心，深入实施送温暖工程，依法建立“南通市爱心帮困基金会”，在全省率先实行特困职工申报标准城乡一体化、率先启动“家政服务培训工程”， 市总两次被评为“全国实施送温暖工程先进单位”，与市委组织部、市级机关工委联合开展的“万名党员干部与困难职工结对帮扶”活动产生广泛影响,被江苏省委组织部和江苏省总工会在全省推广。提高职工素质，全面深化“两创两争”活动，大力推进“职工书屋”建设，命名选树 “职工明星艺术”，“濠滨夏夜”等群众文化品牌被评为南通改革开放三十年30件大事之一和“全国特色文化广场”，荣登全国工会制造十大品牌榜首。加强劳动保护，全面开展“十一五”职工安全生产知识电视培训，职工安全生产培训工作先后三次得到温家宝总理的亲笔批示，被全总和国家安监局在全国推广；率先出台全市工会劳动保护工作办法，并在全省推广。强化自身建设，推广县级工会会员代表大会代表常任制，建立全省首家镇总工会，全省首次乡镇工会工作现场推进会在我市召开；2006—2008年，在江苏省总工会开展的创建全省工会工作模范市、县（市）区活动中，市总工会以总分第一的成绩首批荣获全省工会工作模范市，所属县（市）区继创建“十强县”实现“满堂红”后又实现了模范县（市）区“大满”；全面深化机关作风建设，建立市总党组成员联系重点企业工会和机关干部联系一线职工制度，连续三年在南通市市级机关作风建设和目标管理综合绩效考核中获得“先进单位”称号。