政协南通市第一届委员会于1955年8月7日选举产生，其前身是1949年9月24日至27日召开的南通市第一届各界人民代表会议，当时没有选举产生协商委员会，1950年1月4日至10日，第二届各界人民代表会议召开，选举产生了南通市各界人民代表会议协商委员会。
南通市政协由中国共产党、各民主党派、各人民团体和无党派人士组成，设主席、副主席若干人和秘书长，并设常务委员会主持会务。
南通市政协成立半个世纪以来，在中共南通市委的领导下，坚持中国共产党同各民主党派“长期共存、互相监督、肝胆相照、荣辱与共”的方针，充分发扬社会主义民主，运用多种民主形式，组织参加本会的各党派、团体和各族各界人士参政议政，对全市的大政方针及政治、经济、文化和社会生活中的重要问题，提出意见和建议，进行政治协商和民主监督，协助中共南通市委、市政府搞好各个时期的中心工作和社会主义事业。特别是党的十一届三中全会以来，南通市政协按照政治协商和民主监督工作逐步经常化、制度化的要求，加强自身建设，进一步发挥政治协商、民主监督和参政议政的职能作用，认真贯彻执行党的路线、方针、政策，在推进全市改革开放和现代化建设，完善社会主义民主和法制，维护安定团结的政治局面，宣传祖国统一方针政策，巩固和发展爱国统一战线等方面，做了大量富有成效的工作，显示了中国共产党领导的多党合作和政治协商制度的优越性。
南通市政协至今已历十三届。目前，市十三届政协党组、主席会议成员有：黄巍东、单晓鸣、王小红、董正超、施学雷、杨曹明、羌强、顾国标、徐峰、陈慧宇、陆建新、邵怀德。市十三届政协设27个界别，现有政协常委会组成人员103名，政协委员525名。